反復測定要因を含む単純主効果は，改変Rコマンダーであれば必要時に自動で結果が出力されます．
その他，通常の2元配置，3元配置，4元…の分散分析では，単純主効果は出力されません．
それではどうやって行うか，ですが，最も簡単な方法であれば，各水準ごとのデータを，改めてつくっておくしかない現状です．
例えば，要因A（a，b，c群）と要因ⅱ（1，2，3群）があったとき，要因Aのa群で要因ⅱ（1，2，3群）のデータ，要因Aのb群で要因ⅱ（1，2，3群）のデータ，要因Aのc群で要因ⅱ（1，2，3群）のデータをエクセルでつくります．
次に，要因ⅱの1群で要因A（a，b，c群）のデータ，要因ⅱの2群で要因A（a，b，c群）のデータ，要因ⅱの3群で要因A（a，b，c群）のデータをつくります．
煩雑にはなりますが，これらのデータを一つずつ読み込んで1元配置分散分析で解析し直すという方法です．