コマンド一式のまとめ
ここでは，本書で紹介するパッケージ，コマンドをまとめておきました（第15章のANOVA君は入ってません）．
Rのバージョンは新しくなっていますが，操作は全く同じです．
各章ごとに，その都度入力するのは面倒だとか，あまりよくわからないから，最初に全部設定してしまおう，解析を急ぐのでまずは環境を整えておきたい，という人向けです．
もし，ちょっとでもRの操作を覚えたい，というのであれば，ここの作業は行わなくても大丈夫です．
Rの理解度別対処法
①Rのインストールから全て自分で行いたい人
このページは無視して，本書を読んでインストールからコマンド入力まで本書の通りに進めて下さい．コマンド入力が面倒であれば，本ホームページのコマンドをコピー，Rのコマンドラインにペーストして解析してください．
一通り操作すると，コマンドに対するアレルギーが軽減し，Rを使用してさらに一歩進んだ解析もできるようになると思います．
②Rのインストールは行うが，パッケージ，コマンド入力は簡単にしたい人
本書に加えて，以下の説明の順を追って，コピー，Rのコマンドラインにペーストして進めてください．いくらかRの操作が習得できます．しかし，上述①の作業にも進展させて下さい．
③全ての操作を簡単に済ませたい人（初心者はこちらで）
改変Rコマンダーをインストールしてください．インストール方法は，「Rコマンダーの別のインストール方法（下述）」に沿って行います．それによって，全ての設定は自動に完了します．
本書のような，面倒なコマンド入力は一切不要になります．全くの初心者で，手っ取り早く，まずはRを動かしてみたいという人向けです．
Rコマンダーにメニューを付加しただけですので，通常のRコマンダーと同じように使用できます（Rコマンダー自体のプログラムには手を加えていません）．
しかし，統計解析に興味があるなら，後に上述②，①は体験しておいた方が良いでしょう．
MacOSの対応版もあります．
本書で扱う全パッケージのインストール
パッケージとは，Rのオプションのようなものです．
論文などでは，使用したパッケージ名も掲載すれば，より良いと考えます．
以下の手順に従って作業を進めてみましょう．
前準備① 2章を参考にしてRをダウンロード⇒起動⇒終了してください
基本となるRをインストールしておきます．こちらからダウンロード，実行します．本書を参照してください．MacOSの場合，本書で説明しておりませんが，参考となるwebはいくつかあります．
インストール後，起動することを確認しておきます．
前準備② 2章の「管理者権限で起動する設定」を行っておく
起動の設定として，ディスクトップにあるRのアイコンを右クリックして，本文中「●管理者権限で起動する設定」を，必ず行っておいてください．
前準備③ 再びRを起動
①②が終わったら再度Rを起動します．
はじめに，Rgui，Rコマンダーの画面と名称の簡単な説明を見て，用語の確認をしてください．
Rコマンダーのインストール：RGuiのコマンドラインに入力
上記の手順でRがインストールされた後に行います．
以降では，Rコマンダー含め，全てのパッケージをインストールします．
以下に，何やらわけのわからない言語が羅列してありますが，一つ一つ順を追って説明通りに，ゆっくり進めてください．たいていはここで断念するので，先に進めません．実際にやってみると簡単です．
全パッケージをインストールするためのコマンドは，RGui（もしくはRconsoleという画面）のコマンドプロンプトプロンプト ＞｜ のところ（図）をクリックして点滅していることを確認し，以下の赤字コマンドを全てコピー＆ペーストして下さい．
※以下，赤字の入力はこちらのファイルからもコピー＆ペースト可能です．内容を全てコピー＆ペーストして下さい．
《R4.0.4以前》
install.packages(“Rcmdr”)
install.packages(“lmerTest”)
install.packages(“coin”)
install.packages(“agricolae”)
install.packages(“userfriendlyscience”)
install.packages(“NSM3”)
install.packages(“vcd”)
install.packages(“ResourceSelection”)
《R4.0.5以後》
install.packages(“Rcmdr”)
install.packages(“lmerTest”)
install.packages(“coin”)
install.packages(“agricolae”)
install.packages(“rosetta”)
install.packages(“NSM3”)
install.packages(“vcd”)
install.packages(“ResourceSelection”)
※テキストでは上部の説明，R4.0.5以降のバージョンでは下部を入力．青字が異なる．
を入力します．
[Secure CRAN mirrors]のダイアログボックスが出たときは，そのまま，OKボタンをクリックしてください．
インストールが始まります．時間がかかるので，しばらく待ってください．
RGuiのコマンドラインが ＞｜ のように待機状態になれば終了です．
※もし
＞install.packages(“ResourceSelection”)
で止まっているときは，もう一度，Enterキーを押します（何度押しても構いません）．
コマンドプロンプトが， >｜ で終わっていることを確認して下さい（＞となるまで，Enter）．
ここの作業は，1回行えばあとは不要です．
パッケージの呼び出し（起動）
パッケージをインストール（上記作業）しても，そのままだと使用できません，パッケージの起動をしないとならないのです．
上記入力作業の終了後，以下の赤字をコマンドラインに入力して，起動します．
R4.0.4以前と，R4.0.5以降では異なりますので，注意して下さい．
《R4.0.4以前》
library(“Rcmdr”)
library(“lmerTest”)
library(“coin”)
library(“agricolae”)
library(“userfriendlyscience”)
library(“NSM3”)
library(“vcd”)
library(“ResourceSelection”)
《R4.0.5以後》
library(“Rcmdr”)
library(“lmerTest”)
library(“coin”)
library(“agricolae”)
library(“rosetta”)
library(“NSM3”)
library(“vcd”)
library(“ResourceSelection”)
貼り付け後に警告がでます．その際は，[OK]または[Yes]，[はい]をクリックします．
「無いパッケージをインストールする」のダイアログボックスが出るので，[OK]をクリック．
再度，[Secure CRAN mirrors]のダイアログボックスが出たときは，そのまま，OKボタンをクリックしてください．
RGuiのコマンドプロンプトが ＞｜ のように待機状態になればOKです．Rコマンダーも起動します．
異常な時は，再度，「Rコマンダーのインストール：RGuiのコマンドラインに入力」からやり直して下さい．
確認が終わったら，いったんRをRGuiの右上×で終了してください．，『作業スペースを保存しますか？』の問いに必ず[はい]で終了してください．一度，この作業を行うとあとは不要になります．
ここの作業は，起動のたびに必要となります．ここの作業を省略したい場合は，次のアイコン設定を変えてください．
Rコマンダー起動アイコンのプロパティの設定
①ディスクトップにあるR起動のアイコンを，右クリックします．
②メニューからプロパティを選びます．
③[リンク先（T）]をみます．”C:\Program Files\R\R-x.x.x～のようなパスになっています．（xは数字）
④[リンク先（T）]のパスをクリックして，記述の一番右までカーソルを移動します． –cd-to-userdocs といった記述があります．
⑤–cd-to-userdocs を ここをクリックして表示された内容で上書きして下さい．
コピー＆ペーストで上書きして下さい．
⑥貼り付け後，OKボタンをクリックします．「これらの設定を変更するには…」と出たら，[続行]をクリックします．
上記作業後の保存
上記作業後のRの終了時に，RGuiで終了し，『作業スペースを保存しますか？』の問いに必ず「はい」で終了してください．それによって，上記の作業が保存されます．
Rを終了するところまでで，終わりです．
以上の作業によって，各章に書かれてある『パッケージのインストール，呼び出し』といった記載の作業は不要になります．
第15章のANOVA君の設定だけは，第15章のページで，さらに追加設定してください．